Varaždin wird erstmals 1181 erwähnt von Kroatisch-Ungarische König Bela der drite. Im Jahr 1194 vertraute seinen älteren Sohn Emerik die kroatische Verwaltung um König zu werden und jüngere Sohn sollte nach Kreuzkriege gehen.
Andrija der zweite war vorbestimmt ins Kreuzkriege zu gehen, und Emeric um König zu werden. Damals war es üblich, dass der ältere Sohn der Tronfolger sein sollte.
Nach der Unterzeichnung des Friedens belohnte der König der Banus Tom Erdödy für seine Verdienste im Krieg und die Verteidigung des kroatischen Königreiches. 1607 schenkte er ihm die Festung Varaždin, das Gut um Varaždin, und nannte ihn Gespan von Varaždin.
Varaždin war auch der Sitz der Kirche.
Maria Theresia versuchte, die absolute Autorität und einen einheitlichen Staat zu stärken. Deshalb wollte Sie die Macht des Kroatischen und Ungarischen Adels einschränken. 1767 gründete die Königin die erste moderne kroatische Regierung, den kroatischen Königlichen Rat, dessen Zentrum sich in Varaždin befand, und nach dem großen Brand 1776 nach Zagreb siedelte.
Varaždin war somit von 1767 bis 1776 die Hauptstadt Kroatiens und beherbergt zahlreiche Paläste und öffentliche Gebäude, die bis heute erhalten geblieben sind und den Charakter der Barockstadt zeigen.
Varaždiner haben sich grosse Mühe gegeben um eine Zagorje-Eisenbahn zu bauen, die Varazdin mit Zagreb verbinden sollte. Dieser Prozess begann 1861 und es dauerte ein Vierteljahrhundert, bis er realisiert wurde.